COPASI

시뮬레이션

• ODE(상미분방정식), SDE(확률미분방정식), Gillespie 확률적 시뮬레이션 알고리즘을 지원합니다.
• 임의의 이산 이벤트를 시뮬레이션에 포함할 수 있습니다.

분석 및 추정

• 네트워크 및 동역학에 대한 다양한 분석 방법을 제공합니다.
• 매개변수 추정 및 최적화 기능을 지원합니다.
• 대사 제어 분석( Metabolic Control Analysis) 및 선형 잡음 근사(Linear Noise Approximation) 작업을 수행할 수 있습니다.

시각화

• 사용자 정의 플롯, 히스토그램, 네트워크 다이어그램 애니메이션으로 데이터를 시각화할 수 있습니다.

설치 및 시작

COPASI는 공식 웹사이트(https://copasi.org/Download/)에서 다운로드할 수 있습니다. Windows에서는 winget 명령어를 사용하여 설치할 수도 있습니다:

winget install --id COPASI.COPASI --exact

설치 후, 그래픽 인터페이스(CopasiUI) 또는 명령줄 버전(CopasiSE)을 사용할 수 있습니다. 자세한 사용법은 공식 문서와 튜토리얼을 참조하세요.

활용 예시

• 생화학 반응 네트워크의 시간 경과에 따른 동역학을 시뮬레이션하여 시스템의 행동을 예측합니다.
• 실험 데이터를 기반으로 모델의 매개변수를 추정하여 실제 시스템을 더 잘 반영하도록 모델을 개선합니다.
• 네트워크의 민감도 분석이나 대사 제어 분석을 통해 중요한 반응 단계를 식별합니다.

지원 환경

COPASI는 Windows, macOS, Linux에서 실행할 수 있습니다. Windows용 설치 프로그램은 x64 아키텍처를 지원합니다.

버전 및 업데이트

현재 버전은 4.44.295 (Build 295)입니다. 업데이트 및 변경 사항은 GitHub 릴리스 페이지(https://github.com/copasi/COPASI/releases/tag/Build-295)에서 확인할 수 있습니다.

라이선스 및 확인 사항

COPASI는 Artistic License 2.0에 따라 배포되며, 비상업적 및 상업적 용도로 무료로 사용할 수 있습니다. 라이선스 전문은 https://github.com/copasi/COPASI/blob/HEAD/license.txt에서 확인할 수 있습니다.